Setelah reformasi 1998, kekuasaan pusat melemah. Informasi mengalir bebas. Di sinilah Perang Dayak dan Madura mencapai puncak teror.
Peristiwa Sampit (Februari 2001) adalah yang paling brutal. Dipicu oleh penganiayaan siswa SMU Dayak oleh sekelompok orang Madura, massa Dayak yang dipimpin oleh para Kenyah (panglima perang tradisional) melakukan serangan massal. Yang membuat konflik ini unik adalah metode perang yang digunakan: perang dayak dan madura
Pada Desember 1996, terjadi insiden perkelahian antara seorang pemuda Dayak dan pedagang Madura di pasar. Hukum rimba segera berlaku. Kelompok massa Madura dan Dayak saling serang. Dalam hitungan minggu, puluhan rumah dibakar. Pemerintah Orde Baru yang otoriter berhasil menekan media, sehingga eskalasi tidak meluas, namun luka sudah menganga. Setelah reformasi 1998, kekuasaan pusat melemah
Masalah muncul ketika budaya keras orang Madura berbenturan dengan nilai kesopanan dan keterbukaan orang Dayak. Orang Madura cenderung ekspresif dan mudah tersulut amarah, sementara orang Dayak sangat memegang prinsip "malu" dan "siri" (harga diri). Konflik kecil seperti masalah lahan, utang piutang, atau perselingkuhan seringkali tidak bisa diselesaikan secara adat karena tidak ada titik temu. Peristiwa Sampit (Februari 2001) adalah yang paling brutal
Sejarawan dan analis politik menduga bahwa Perang Dayak dan Madura bukan murni spontan. Ada beberapa teori:
Para transmigran Madura sering kali mendapatkan lahan pertanian yang lebih subur dan akses ke kota yang lebih mudah dibandingkan rumah adat Dayak yang terpinggirkan. Hal ini memicu rasa iri dan ketidakadilan. Di sisi lain, orang Madura yang agresif secara ekonomi mulai mendominasi sektor perdagangan kecil di pasar-pasar pedesaan, menyinggung perasaan masyarakat lokal.